De chirurg voert de operatie uit. Er zijn verschillende operatietechnieken, variërend van een kijkoperatie tot een open operatietechniek. Dit is afhankelijk van het ziekenhuis dat de operatie uitvoert en van de toestand van de donor. De operatie vindt plaats onder algehele narcose en duurt zo’n drie tot vier uur. Na de nierdonatie verblijft de donor nog ongeveer twee uur op de uitslaapkamer.

Meer informatie over de opname, operatie en ontslag in het Erasmus Medisch Centrum is te vinden op de website van het Erasmus MC. Een videoverslag van de live niertransplantatie met een levende donor van 16 oktober 2008 (Erasmus MC) is hier te bekijken. De website van het UMC St. Radboud voorziet in uitgebreide medische informatie over de operatie zoals deze plaatsvindt in het UMC St. Radboud, inclusief foto's van de operatie.

De transplantatie kan altijd op het laatste moment worden uitgesteld of afgesteld. Dit kan allerlei redenen hebben. De operatiekamer is bijvoorbeeld door spoedeisende gevallen plotseling niet beschikbaar, of de artsen zijn gestuit op een fysiek probleem bij de ontvanger. Het kan ook gebeuren dat er in de tussentijd een nier van een overleden donor beschikbaar komt en dan kan het gebeuren dat de postmortale nier voorrang krijgt.